菌丝短期缺氧时，能借助酵解作用暂时维持生命活动，但要消耗大量营养物质，菌丝逐渐衰弱老化，缩短寿命。菌丝严重缺氧时，生长受阻，培养料难以被菌丝覆盖，易染杂菌。香菇菌袋在培养阶段，一般要经过三次刺孔过程。通过刺孔使菌丝吸氧充分，使生长处于活跃状态，代谢活动加强，使菌丝健壮生长。 原则是：做好工具消毒，先少后多，先浅后深，黄冈食用菌，先细后粗，在料面结合紧密处刺，不能带起薄膜，不能触及生料。不能在瘤状物上刺，不能在杂菌处刺，气温在30℃以上时不刺，料袋过松不能刺小孔，待菌丝长满袋再刺孔，大袋、湿袋适当多刺孔。 刺孔的时间或办法：
一次刺孔：当菌丝长到8-10公分大小，用牙签刺孔4-6个，深0.5-1公分，刺孔后菌袋“井”字型排放6-7层，堆与堆之间留空隙。定期通风。
第二次刺孔：菌丝大部分相连，菌丝占袋三分之一或一半时第二次刺孔，用毛衣针每穴刺6-8个，深2公分，加长通风时间。（菌丝相连时及时脱去外套袋） 刺大孔：第三次刺孔应在菌丝长满半月后瘤状物达2／3时刺大孔，刺孔筷子头粗细即可（5毫米左右），每袋刺孔50—80个，刺孔多少根据袋子干湿度、袋子大小情况掌握和养菌环境而定，刺孔后三四天内不要湿水。
热风烘干箱特点：1、该设备的供热系统使用的是我厂自主研发的热风炉，热效率利用率比普通热风炉提高30%，节能、环保、使用寿命长，更好的提高产量。2、箱体内热风为纯净无污染的干净气体，绝没有二氧化碳等有害气体的产生。烘干后达到国家环保和食品安全标准。3、循环系统使用的是耐高温、耐高湿循环风机电机，采用大直径离心风轮，循环鼓风，热量流通更均匀。4、燃煤热风烘箱对烘烤环境的四大烘烤因素（水、火、风、时）具有良好的协调性，在遵循自然规律的过程中利用冷热气流的自然属性，促使烘箱内热气流进行自然循环，食用菌蒸汽锅炉，既改良了烘烤环境，又提高了热利用率，又缩短了烘烤时间。5、烘干箱内配有隔风板，使不同层面的热风能均匀的通过物料表面。 6、烘干机通风效果好，干燥均匀，运行费用低。设备易操作，耐用。
每次刺孔以后，菌丝经过刺孔增加氧气，活力增强，生长速度新旧代谢加快，自身会产生热量，袋温会持续升高，特别是刺大孔后，食用菌设备，袋温往往比气温高5℃以上，这时必须注意温度变化，及时疏散菌袋，改变堆形加强通风降温，防止高温烧菌。通风换气是养菌过程有效的增氧降温方法，也是管理的关键，时时刻刻都应注意。随着生产规模的扩大，不少人不刺小孔或者少刺小孔，也不翻堆，表面虽看不出明显区别，食用菌装袋机，但对出菇有影响，对高产有影响，所以不要图省事、怕麻烦、怕开支而不刺小孔。整个养菌期一定要做到勤查勤看，随时发现问题，随时解决问题，不能拖延。每次入棚检查时，都要先将棚门打开。通风后，操作人员再进入棚里，以免棚内缺氧造成人员窒息，危及生命安全。
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